唇腭裂的原因还不完全清楚，但可能与以下因素有关。
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1、遗传因素：遗传研究表明，该病是多基因的，20-30%的病人有阳性的遗传倾向。我们经常在病人的亲属身上看到类似的畸形。
2、环境因素，如怀孕期间的维生素缺乏、怀孕期间的病毒感染、X射线辐射、荷尔蒙或抗肿瘤药物、抗组胺药、烟草和酒精，都可能导致基因突变和其他畸形。
3、总之，致畸因素是多样的，但并不完全明确。
兔唇和腭裂是比较常见的先天性缺陷，在英国每一千名新生儿中至少有一名发生。它发生在怀孕早期，当上颌骨在胎儿口中不能正常结合时。患有兔唇的婴儿需要多次手术和语言治疗来纠正这种先天缺陷。如果一个婴儿的哥哥或姐姐有这种缺陷，那么这个婴儿有这种缺陷的可能性比其他婴儿高30到40倍。
遗传因素。在大多数情况下，在直系亲属或近亲中也会发现同样的畸形。发现唇裂的发病率为0.17%。父母一方的孩子唇裂的发病率可以从2.6%到5.6%不等，比第一种情况高15-32倍。唇腭裂在父亲的后代中的发病率约为3%，而在母亲身上，该病症遗传给孩子的概率则高达14%。如果一个健康的父母已经有一个唇裂的孩子，那么第二个孩子有唇裂的概率是4%。如果有两个孩子出生时患有唇裂，那么另一个孩子患有唇裂的概率会增加到9%。近亲结婚的夫妇所生子女的发病率更高。
营养因素：怀孕期间的呕吐和食物摄入不完全会影响妇女的营养摄入，导致维生素的缺乏。
病毒感染。在怀孕早期（2个月内）感染风疹病毒可能是导致婴儿唇腭裂的原因。
药物：一些药物可以穿过胎盘屏障，影响胚胎发育，如安眠药、抗过敏药、苯妥英、肾上腺皮质激素和环磷酰胺可以引起胎儿畸形。
内分泌影响。在怀孕的第9、10和11天注射肾上腺皮质激素的怀孕大鼠被证明在其幼崽中唇腭裂的发生率很高。因此，在怀孕早期（8周内），当孕妇受到压力或创伤时，促肾上腺皮质激素的分泌可能会增加，导致婴儿出现先天性畸形。
辐射：在怀孕早期暴露于辐射中可能导致唇腭裂。